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La comptabilité générale de l'Etat est tenue en partie double et suivant les principes dessous:

- le principe de la constatation des droits et obligations ;

- le principe de transparence ;

- le principe de permanence dans la terminologie et dans les méthodes utilisées pour retracer les événements, opérations et situations comptables ;

- les principes de sécurité, de pérennité et d'irréversibilité de l'information comptable ;

- le principe de la continuité de l'exploitation et de permanence des méthodes : les méthodes comptables n'ont pas à subir de modifications dès lors que l'Etat n'enregistre pas un changement substantiel ou exceptionnel de son activité ;

- le principe de prudence ;

- le principe de l'intangibilité du bilan d'ouverture.

En vue d’assurer la qualité de la comptabilité et la fiabilité des données comptables, un système  informatique a été mis en place depuis l’an 2000. Cet outil informatique a permis d’automatiser la tenue de la comptabilité. En effet, il reprend les différentes procédures de comptabilisation dans les supports (journaux divisionnaires, journal centralisateur) prévus par la règlementation et permet l’édition des différents bordereaux de transferts et des états de synthèse.

La comptabilisation des opérations se fait toujours en trois (3) étapes à savoir : la saisie, la validation et la vérification. Chacune de ces étapes est réalisée par des agents distincts après un contrôle de régularité et de conformité des pièces justificatives de l’opération.

Cet outil permet une meilleure une maîtrise des procédures à travers l’implication d’au moins deux (2) personnes dans la comptabilisation d’une opération comptable. Cela se traduit par une réduction significative des erreurs de comptabilisation, la célérité dans le traitement des opérations, la production en temps réel des situations comptables et statistiques fiables.

En outre, des critères de qualité de la comptabilité ont été définis. Il s’agit  de:

 - la modification des lignes d’écritures;

- l’utilisation des écritures libres;

;- la transmission informatique des Bordereaux de Transfert Comptable (BTOC);

- la transmission physique des Bordereaux de Transfert Comptable (BTOC).

Ces critères permettent d’évaluer mensuellement la qualité de la comptabilité des différents comptables