La DGTCP est organisée en direction générale, en structures d’appui, en structures centrales et en structures déconcentrées :

  La direction générale :

• Le Directeur général (DG) définit les grandes orientations, coordonne, contrôle l’exécution des activités et évalue les performances.
• Le Directeur général adjoint (DGA) assiste le Directeur général dans l’exécution de ses missions. II est compétent pour toutes les questions que pourrait lui confier le Directeur général.
• L’Inspection technique du trésor (ITT) a pour mission d’assurer le contrôle de l’ensemble des services du trésor et l’ensemble des réseaux des comptables publics et assimilés.
• La Cellule d’appui technique (CAT) est composée de Chargés d’études. Ils ont en charge l’étude et le traitement de tous les dossiers qui leur sont confiés par le Directeur général.

  Les structures d’appui:

• Le Service des ressources humaines (SRH) a pour mission la gestion efficiente des ressources humaines ainsi que la conception et la mise en œuvre de toute politique visant à développer le professionnalisme des agents de la Direction générale du trésor et de la comptabilité publique.
• Le Service de l'administration des finances (SAF) a pour mission la gestion des moyens financiers de la DGTCP.
• Le Service de la communication et des relations publiques (SCRP) a pour mission de veiller à la visibilité de l’action de la DGTCP par l’information de son public cible et de ses partenaires.
• Le service de la qualité, de l'innovation et des réformes (SQIR) a pour mission la conduite du processus de certification aux normes internationales et la coordination des actions de réformes.
• Le Service des archives et de la documentation (SAD) a pour mission d’organiser et de gérer l’ensemble des archives de la DGTCP.
• Le Bureau comptable matières secondaire (BCMS) a pour mission d'assurer la gestion des matières qui lui sont confiées et de transmettre les opérations au comptable principal des matières.

  Les structures centrales

Les structures centrales de la DGTCP sont constituées de directions de services et de structures comptables.

  Les directions de services :

• La Direction des affaires monétaires et financières (DAMOF) a pour mission de contribuer à l’élaboration et à la conduite de la politique monétaire et financière de l’Etat et de déterminer les grandes orientations de l’Etat en matière de politique de gestion des entreprises publiques et des établissements publics de l’Etat.
• La Direction des assurances (DA) a pour mission l’exercice de la tutelle du secteur des assurances.
• La Direction de la dette publique (DDP) a pour mission la gestion de la dette publique extérieure et intérieure.
• La Direction des études et de la législation financière (DELF) a pour mission la réglementation et l’organisation de la gestion des deniers publics et l’exercice des activités relatives aux jeux de hasard.
• La Direction de l’informatisation du Trésor (DIT) a pour mission la gestion du schéma directeur informatique de la DGTCP.
• La Direction de la surveillance et du contrôle des systèmes financiers décentralisés (DSC-SFD) a pour mission l’exercice de la tutelle du ministère chargé des finances sur les systèmes financiers décentralisés et les fonds nationaux de financement.
• La Direction du suivi des opérations financières de l’Etat (DSOFE) a pour mission la production, l’analyse et la diffusion des statistiques de finances publiques.

  Les structures comptables :

• L’Agence Comptable Centrale du Trésor (ACCT) a pour mission la gestion des deniers publics, l'exécution des opérations de trésorerie ainsi que la centralisation informatique de la comptabilité Générale de l’Etat et la production des états y afférents. Elle assure la coordination et le suivi de la qualité comptable.
• La Paierie Générale (PG) est chargée du paiement des dépenses du budget général, des comptes spéciaux  et des budget annexes. Elle assure également la tutelle fonctionnelle des régies d'avances de l'Etat.

• La Recette Générale (RG) a pour mission le recouvrement de recettes du budget de l'Etat. Elle assure également la tutelle fonctionnelle des régies de recettes.

• La Trésorerie des Missions Diplomatiques et Consulaires (TMDC) a pour mission la gestion comptable des representations diplomatiques et consulaire du Burkina Faso.

  Les structures déconcentrées

• Les Trésoreries régionales (TR) assurent dans les limites de leurs circonscriptions financières, la réalisation des opérations dévolues au Trésor public, la supervision des comptables publics, à eux, rattachés ainsi que la centralisation et l’apurement des comptabilités de ceux-ci.

• Les Trésoreries principales (TP) sont des postes comptables rattachés à la TR. Elles assurent dans les limites de leurs circonscriptions financières, le recouvrement des recettes et le paiement des dépenses du budget général, des comptes spéciaux du Trésor, des budgets annexes, des comptes des correspondants du Trésor et des comptes des services non personnalisés de l’Etat.

• Les Perceptions (PP) sont des postes comptables rattachés à la TR. Ils assurent dans les limites de leurs circonscriptions financières, le recouvrement des recettes et le paiement des dépenses du budget général, des comptes spéciaux du Trésor, des budgets annexes, des comptes des correspondants du Trésor et des comptes des services non personnalisés de l’Etat.